El Ateneo Filosófico actualmente sigue un sistema educativo no escolarizado a distancia, con tres programas con reconocimiento oficial ante la SEP: Especialidad en valores, Maestría en humanidades y Doctorado en ciencias humanas. El modelo educativo original fue diseñado por la Dra. Luz García Alonso, quien a lo largo de su carrera profesional desarrolló su propio pensamiento filosófico denominado Filosofía del Hacer o de la Eficacia, teniendo como corrientes filosóficas de fondo las filosofías realistas de Sto. Tomás de Aquino y Aristóteles.